Cụ thể, Tổng cục Hải quan yêu cầu cục trưởng cục hải quan các tỉnh, thành phố chỉ đạo các chi cục hải quan trực thuộc quán triệt đến từng cán bộ công chức thực hiện đúng quy định tại Khoản 2 Điều 3, điểm a Khoản 1 Điều 18, Khoản 1 Điều 23 Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 2, Khoản 7, Khoản 12 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC của Bộ Tài chính.
Khi kiểm tra hồ sơ hải quan, công chức hải quan căn cứ vào các thông tin trên tờ khai hải quan và các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan do người khai hải quan nộp thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan để kiểm tra, đối chiếu, không yêu cầu người khai hải quan phải xuất trình, nộp các chứng từ giấy thuộc hồ sơ hải quan để kiểm tra.
Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra nội bộ, trường hợp phát hiện công chức hải quan yêu cầu DN nộp chứng từ giấy thuộc hồ sơ hải quan khi DN đã nộp các chứng từ điện tử qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan thì thực hiện kiểm điểm làm rõ trách nhiệm và luân chuẩn công chức sang bộ phận công tác khác, không bố trí tại khâu kiểm tra, tiếp nhận hồ sơ hải quan.
Trước đó, Tổng cục Hải quan nhận được phản ánh của DN về việc công chức hải quan tại một số cục hải quan tỉnh, thành phố khi làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa XK, NK vẫn yêu cầu DN nộp các chứng từ giấy thuộc hồ sơ hải quan trong khi DN đã nộp các chứng từ điện tử thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan.