Về kê khai trị giá hải quan hàng XK, Tổng cục Hải quan cho biết, khi làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa XK có thuế XK, người khai hải quan phải tự kê khai, xác định trị giá hải quan để tính thuế XK, trong đó trị giá hải quan khai báo, tính thuế trên tờ khai XK phải là giá bán hàng hóa tính đến cửa khẩu XK, phù hợp với giá bán ghi trên hợp đồng mua bán hàng hóa hoặc hóa đơn thương mại và các chứng từ có liên quan đến hàng XK. Nếu trong giá bán hàng hóa đến cửa khẩu XK đã có phí vận chuyển quốc tế, phí bảo hiểm quốc tế thì được trừ hai khoản chi phí đó khỏi giá bán đến cửa khẩu xuất để xác định trị giá hải quan.
Theo đó, hướng dẫn về kiểm tra trị giá hải quan trong thông quan đối với hàng XK, Tổng cục Hải quan cho biết, khi kiểm tra để làm thủ tục thông quan hàng hóa, nếu tờ khai hải quan được hệ thống phân luồng kiểm tra (Vàng hoặc Đỏ) và chỉ dẫn kiểm tra trị giá hải quan thì công chức hải quan phải tiến hành kiểm tra chi tiết các tài liệu, chứng từ liên quan do người khai hải quan xuất trình. Giá bán đến cửa khẩu xuất phải thống nhất với hợp đồng mua bán đã ký kết với đối tác nước ngoài; hóa đơn thương mại do người XK phát hành cho đối tác nước ngoài làm cơ sở để thực hiện thanh toán giữa người bán với người mua; các chứng từ, tài liệu khác liên quan đến việc tính toán và thanh toán các khoản chi phí cấu thành vào giá bán hàng hóa đến cửa khẩu xuất. Kết quả kiểm tra được xử lý như sau:
Trường hợp phát hiện giá bán đến cửa khẩu xuất, các chi phí cấu thành vào giá bán đến cửa khẩu xuất không thống nhất với chứng từ, tài liệu xuất trình trong hồ sơ hải quan thì bảc bỏ trị giá hải quan khai báo, xác định trị giá hải quan, ấn định tiền thuế, xử phạt vi phạm theo quy định.
Trường hợp giá bán đến cửa khẩu xuất thống nhất với hồ sơ, chứng từ, tài liệu nhưng mức giá kê khai thấp, không hợp lý, thuộc các trường hợp có dấu hiệu nghi vấn quy định tại điểm b.4 khoản 3 Điều 25 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 14 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC của Bộ Tài chính thì xác định dấu hiệu nghi vấn, thực hiện tham vấn để bác bỏ trị giá hải quan khai báo, xác định trị giá hải quan, ấn định tiền thuế, xử phạt vi phạm.
Trường hợp giá bán đến cửa khẩu xuất thống nhất với hợp đồng mua bán, hóa đơn thương mại và các chứng từ, tài liệu tham khảo có liên quan và không có nghi vấn về mức giá thấp, không hợp lý thì chấp nhận trị giá hải quan do DN kê khai.
Trường hợp tờ khai hải quan được hệ thống phân luồng kiểm tra (Vàng hoặc Đỏ), không chỉ dẫn kiểm tra trị giá hải quan nhưng công chức hải quan phát hiện mức giá hải quan do DN kê khai trên tờ khai hải quan thấp, không hợp lý thuộc các trường hợp có dấu hiệu nghi vấn quy định tại điểm b.4 khoản 2 Điều 25 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 14 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC thì đề xuất lãnh đạo chi cục duyệt kiểm tra trị giá hải quan. Việc kiểm tra được thực hiện như hướng dẫn nêu trên.
Trường hợp tờ khai hải quan được thông quan ngay (luồng Xanh) nhưng công chức hải quan phát hiện mức giá do DN kê khai thấp, không hợp lý có dấu hiện nghi vấn theo quy định tại điểm b.4 khoản 2 Điều 25 Thông tư số 38/2015/1T-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 14 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC thì lập phiếu chuyển nghiệp vụ, ghi rõ dấu hiệu nghi vấn, để tiển hành kiểm tra sau thông quan tại trụ sở cơ quan Hải quan đối với tờ khai hải quan đó.
Trường hợp trên hợp đồng mua bán, bên bán và bên mua thỏa thuận tách tiền thuế XK của hàng hóa khỏi giá bán hàng hóa XK, trị giá hải quan khai báo là giá bán hàng hóa ghi trên hợp đồng, phù hợp với hóa đơn thương mại và các chứng từ, tài liệu có liên quan thì cơ quan Hải quan phải xác định dấu hiệu nghi vấn trị giá khai báo, tổ chức kiểm tra sau thông quan tại trụ sở DN để làm rõ nghi vấn đối với trị giá khai báo ngay sau khi hàng hóa được thông quan.

Tổng cục Hải quan hướng dẫn chi tiết các trường hợp cụ thể thực hiện kiểm tra trị giá sau thông quan hàng XK.
Kiểm tra sau thông quan tại trụ sở cơ quan Hải quan đối với tờ khai hải quan hàng XK có nghi vấn về trị giá khai báo nhưng chưa được kiểm tra chi tiết hồ sơ hải quan trong khi làm thủ tục hải quan: Căn cứ dấu hiện nghi vấn trị giá khai báo, yêu cầu người khai hải quan xuất trình, bổ sung chứng từ, tài liệu nhằm làm rõ những nghi vấn về trị giá khai báo, sự thống nhất, phù hợp giữa trị giá khai báo với hồ sơ, chứng từ, tài liệu có liên quan. Nếu người khai hải quan không bổ sung được chứng từ, tài liệu hoặc không giải trình được các nghi vấn, hoặc qua kiểm tra phát hiện có sự không thống nhất giữa trị giá khai báo với hồ sơ, chứng từ, tài liệu có liên quan thì bảc bỏ, xác định trị giá hải quan, ấn định tiền thuế và xử phạt theo quy định.
Kiểm tra trị giá sau thông quan tại trụ sở DN: Trên cơ sở nghi vấn trị giá hải quan đã kê khai, cơ quan Hải quan phải kiểm tra toàn bộ hệ thống số sách kế toán, việc hạch toán chi phí, việc hạch toán giá thành của hàng hóa XK từ khâu sản xuất (hoặc thu mua) hàng hóa đến khi hàng hóa được đưa đến cửa khẩu xuất (bao gồm cả cảc chi phí nộp thuế nội địa, chi phí để vận chuyển hàng hóa từ kho của DN đến cửa khẩu xuất, các chi phi liên quan đến việc lưu giữ, bốc xếp, thuê kho bãi, gom, vun đống, xúc hàng hóa lên phương tiện vận tải...), việc hạch toán doanh thu bán hàng, lợi nhuận của DN để xác định đúng giá bán hàng hóa đến cửa khẩu xuất (trường hợp giá thành của hàng hóa XK cao hơn giá bán hàng hóa XK thì khoản lỗ bán hàng phải được hạch toán trên hệ thống kế toán đúng quy định của chế độ kế toán hiện hành).
Nếu phát hiện giá bán hàng hóa đến cửa khẩu xuất thể hiện trên sổ sách kế toán, chứng từ có liên quan không thống nhất với trị giá hải quan đã kê khai thì xác định lại trị giá hải quan, ấn định thuế, tính tiền chậm nộp và xử phạt vi phạm về hành vi trốn thuế, gian lận thuế. Trong quá trình kiểm tra sau thông quan, phải phối hợp với các cơ quan quản lý nhà nước (như cơ quan thuế nội địa, cơ quan thanh tra các cấp, cơ quan Công an, Ngân hàng...) và các tổ chức, cá nhân có liên quan đến DN được kiểm tra sau thông quan để xác minh các yếu tố cấu thành vào giá giá bán hàng hóa đến cửa khẩu xuất. Trường hợp phát hiện dấu hiệu vi phạm pháp luật, gian lận thuế, trốn thuế thì phải lập hồ sơ chuyển cơ quan điều tra tiếp tục xử lý.