1. Phí THC (Terminal Handling Charge) Phụ phí xếp dỡ tại cảng là khoản phí thu trên mỗi container để bù đắp chi phí cho các hoạt động làm hàng tại cảng như: xếp dỡ, tập kết container từ CY (Container Yard) ra cầu tàu… Phụ phí xếp dỡ tại cảng do cảng thu hãng tàu. Sau đó hãng tàu thu lại forwarder hoặc chủ hàng (người gửi hoặc người nhận hàng).
Phí khoảng: 95 usd/20’dc và 150 usd/40’dc

2. Phí Handling (Handling fee): Phí dịch vụ giao nhận hàng hoá hay phí handle hàng nhập
Phí này thường thu đối với hàng nhập đường biển để chi trả cho phí giao dịch, book tàu, xử lý các vấn đề liên quan đến giao nhận đường biển cho lô hàng đó.
Thực ra phí này là do các Forwarder đặt ra để thu Shipper/Consignee. Đại khái handling là quá trình 1 forwarder giao dịch với đại lý của họ ở ngước ngoài để thỏa thuận về việc đại diện cho đại lý ở nước ngoài tại Việt Nam thực hiện 1 số công việc như khai báo Manifest với cơ quan Hải quan, phát hành B/L, D/O cũng như các giấy tờ liên quan…
Phí thu khoảng 25 – 30 usd/shipment.
 
3. Phí D/O (Delivery Order fee), phí này gọi là phí lệnh giao hàng đối với hàng nhập. Khi có 1 lô hàng nhập khẩu vào Việt Nam thì Consignee phải đến hãng tàu/ Forwarder để lấy lệnh giao hàng, mang ra ngoài cảng xuất trình cho kho (hàng lẻ - LCL)/ làm phiếu EIR ( hàng container – FCL) thì mới lấy được hàng. Các hãng tàu/ Forwarder phát hành lệnh giao hàng (D/O) và thu phí D/O.
Phí khoảng 30 usd/shipment.

4. Phí AMS (Automatic Manifest System) Phí kê khai hải quan tự động.  Phí khoảng 25 Usd / Bill of lading. Thông tin lô hàng nhập khẩu phải được khai báo đến cơ quan Hải quan Mỹ trước 48 tiếng khi tàu ở cảng chuyển tải (Kaohsiung – Đài Loan hoặc Singapore) khởi hành đến Mỹ. Thủ tục này được áp dụng từ năm 2003 và nhà xuất khẩu sẽ trách nhiệm kê khai ngay tại cảng xếp hàng. Thường thì các bên Forwarder hoặc hãng tàu sẽ giúp các nhà xuất khẩu làm việc này do thủ tục kê khai vô cùng đơn giản.
 
5. Phí ANB tương tự như phí AMS (Áp dụng cho châu Á)
 
6. Phí B/L (Bill of Lading fee), phí AWB ( Airway bill fee), Phí chứng từ (Documentation fee). Tương tự như phí D/O nhưng mỗi khi có một lô hàng xuất khẩu thì các Hãng tàu / Forwarder phải phát hàng một cái gọi là Bill of Lading (hàng vận tải bằng đường biển) hoặc Airway Bill (hàng vận tải bằng đường không).
Phí khoảng 30 usd/shipment.
 
7. Phí CFS (Container Freight Station fee) Mỗi khi có một lô hàng lẻ xuất / nhập khẩu thì các công ty Consol / Forwarder phải dỡ hàng hóa từ container đưa vào kho hoặc ngược lại và họ thu phí CFS.
 
8. Phí chỉnh sửa B/L: (Amendment fee):Chỉ áp dụng đối với hàng xuất, khi phát hành 1 bộ B/L cho Shipper, sau khi Shipper lấy về hoặc do một nguyên nhân nào đó mà cần chỉnh sửa một số chi tiết trên B/L và yêu cầu hãng tàu / forwarder chỉnh sửa thì họ có quyền thu phí chỉnh sửa.
– Phí chỉnh sửa B/L trước khi tàu cập cảng đích hoặc trước khi khai manifest tại cảng đích thường là 50 Usd.
– Phí chỉnh sửa B/L sau khi tàu cập cảng đích hoặc sau thời điểm hãng tàu khai manifest tại cảng đích thì tuỳ thuộc vào hãng tàu / Forwarder bên cảng nhập. Thường không dưới 100 USD.
 
9. Phí BAF (Bunker Adjustment Factor): Phụ phí biến động giá nhiên liệu. Là khoản phụ phí (ngoài cước biển) hãng tàu thu từ chủ hàng để bù đắp chi phí phát sinh do biến động giá nhiên liệu. Tương đương với thuật ngữ FAF (Fuel Adjustment Factor)…
– Phí BAF (Bulker Adjustment Factor): phụ phí xăng dầu (cho tuyến Châu Âu).
– Phí EBS (Emergency Bunker Surcharge): phụ phí xăng dầu (cho tuyến Châu Á).
 
10. Phí PSS (Peak Season Surcharge): Phụ phí mùa cao điểm. Phụ phí này thường được các hãng tàu áp dụng trong mùa cao điểm từ tháng tám đến tháng mười, khi có sự tăng mạnh về nhu cầu vận chuyển hàng hóa thành phẩm để chuẩn bị hàng cho mùa Giáng sinh và Ngày lễ tạ ơn tại thị trường Mỹ và châu Âu.
 
11. Phí CIC (Container Imbalance Charge) hay “Equipment Imbalance Surcharge” là phụ phí mất cân đối vỏ container hay còn gọi là phí phụ trội hàng nhập. Có thể hiểu nôm na là phụ phí chuyển vỏ container rỗng. Đây là một loại phụ phí cước biển mà các hãng tàu thu để bù đắp chi phí phát sinh từ việc điều chuyển (re-position) một lượng lớn container rỗng từ nơi thừa đến nơi thiếu.
 
12. Phí GRI (General Rate Increase): phụ phí của cước vận chuyển (chỉ xãy ra vào mùa hàng cao điểm).
 
13. Phí chạy điện (áp dụng cho hàng lạnh, chạy container lạnh tại cảng). phải cắm điện vào container để cho máy lạnh của container chạy và giữ nhiệt độ cho hàng lạnh.
 
14. Phí vệ sinh container(Cleaning container fee): Khoảng 5$/Cont 20f, 10$/Cont 40f
 
15. Phí lưu container tại bãi của cảng(DEMURRAGE); Phí lưu container tại kho riêng của khách (DETENTION); Phí lưu bãi của cảng (STORAGE)
- DEMURRAGE/ DETENTION/ STORAGE đối với hàng xuất khẩu:
* Sau khi bạn liên hệ với cảng để nhận Container và kéo về kho riêng của bạn đóng hàng
Thông thường đối với hàng xuất khẩu thì bạn sẽ được lấy container đem về kho để đóng hàng trước ngày tàu chạy ETD (Estimated time of departure) là 05 ngày. Điều này có nghĩa là bạn sẽ được miễn phí 5 ngày DEM (DEMURRAGE) và 05 ngày DET (DETENTION) với điều kiện bạn phải trả container về bãi trước giờ Closing time quy định để xuất theo lịch tàu dự kiến. Nếu Sau 05 ngày mà bạn không trả container về bãi để xuất đúng lịch tàu đã book mà container để tại kho của bạn thì bạn sẽ phải thanh toán tiền lưu container tại kho (DET). Nếu vì lý do nào đó bạn giao container về bãi nhưng sau Closing time quy định và hàng không kịp xếp lên tàu dự kiến. Hàng của bạn sẽ phảo nằm ở bãi và chờ đến chuyến sau thì bạn sẽ phải trả phí lưu container tại bãi (DEM) và phí lưu bãi tại cảng (STORAGE) và phí đảo/ chuyển container.
* Trong trường hợp bạn đóng hàng tại bãi của Cảng thì DET sẽ không bị tính và DEM cũng sẽ được tính như trường hợp trên.
- DEMURRAGE/ DETENTION/ STORAGE đối với hàng nhập khẩu:
Sau khi bạn đã hoàn tất các thủ tục hải quan nhập khẩu và muốn đưa về kho riêng để rút hàng thì container này sẽ được miễn phí lưu container tại cảng (DEM) và phí lưu bãi tại cảng (STORAGE) thông thường sẽ được các hãng tàu cho phép là 5 ngày kể từ ngày tàu cập cảng. Điều này có nghĩa là bạn sẽ được miễn phí 5 ngày DEM và 5 ngày STORAGE. Kể từ ngày thứ 6 trở đi thì bạn sẽ phải trả thêm phí DEM và STORAGE (nếu hàng vẫn còn nằm trong bãi của cảng) hay bạn sẽ phải trả thêm phí DEM và DET nếu bạn đem hàng về kho riêng để dỡ hàng sau ngày quy định trên, Trong trường hợp bạn rút hàng tại bãi của cảng sau 5 ngày được miễn nêu trên thì bạn phải trả phí DEM và STORAGE.
 
16. Phí thu hộ cước vận tải biển hàng nhập ( Phí IFB) Là việc cước phí vận chuyển hàng đóng container, hàng lẻ, hàng xá… lẽ ra phải trả tại nước XK bởi người XK, nhưng do một lý do nào đó (do điều kiện giao hàng chẳng hạn, do thỏa thuận giữa exporter và importer chẳng hạn) mà phí này được trả bởi importer tại nơi đến.
Các công ty forwarder tại nơi đến có nghĩa vụ thu giùm các đại lý của họ ở nước ngoài cước phí vận tải và trả lại cho các đại lý đó.
 17. Phí ISF = Importer Security Filing :
 Kê khai an ninh dành cho nhà nhập khẩu. Ngoài việc phải kê khai thông tin hải quan Mỹ tự động, tháng 1-2010 Hải quan Mỹ và Cơ quan bảo vệ biên giới Mỹ chính thức áp dụng thêm thủ tục kê khai an ninh dành cho nhà nhập khẩu (ISF – Importer Security Filing).
Ngoài các thông tin giống như khai AMS, thủ tục khai ISF form yêu cầu nhà nhập khẩu ở Mỹ phải cung cấp thêm thông tin khác như nhà sản xuất, thông tin của nhà nhập khẩu (Importer of record number), mã số hàng hóa (Commodity HTSUS number) và nhà vận tải đóng hàng vào container (Consolidatior). Thông tin này cũng được yêu cầu phải được kê khai cho Hải quan Mỹ 48 tiếng trước khi tàu ở cảng chuyển tải khởi hành đến Mỹ.
Thường việc kê khai ISF (Importer Security Filing – Kê khai an ninh dành cho nhà nhập khẩu) sẽ cùng lúc với việc khai AMS và các đại lý vận tải sẽ giúp nhà nhập khẩu kê khai thông tin này. Chi phí cho việc kê khai ISF cũng khoảng 25 usd / Bill. (2013)